法国人跨越莱茵河向东进*，想要把他们所发现的视为中世纪的*治格局现代化。佛兰德斯再一次被并入法国，连同南部其它地区在内的荷兰被分成很多新省，用一个新的革命*治版图取代了凌乱的当地旧制度格局。北方的荷兰共和国，其中那些大城市是如何的卓尔不群，它们的自由是何等稳固，此时也都失去了其独立的地位。安特卫普与布鲁日的继承者阿姆斯特丹，从与西班牙的漫长战争中脱身出来，实际上成为了主权城邦。这个城市处在荷兰共和国的大陆省荷兰省之中，但这个共和国松散的联邦结构，再加上这个城市的经济力量，使得阿姆斯特丹实际上成为一个拥有自己权利的独立国家。

这一切也在年破灭，当时阿姆斯特丹和荷兰其它城市都被并入巴达维亚共和国，随后又被并入荷兰王国——拿破仑帝国的一部分。最后，在年，在拿破仑战胜奥地利人的奥斯德立兹战役之后，神圣罗马帝国山穷水尽。汉堡王朝与此帝国的长期联合烟消云散，取而代之的是拿破仑自己的王朝。莱茵联邦在法国人严格的控制下建立起来，这一联邦被分成众多由拿破仑扩展的家族成员和随从人员统治的王国与公国。作为调整的一部分，帝国的自由城市被废除了，被纳入到新的领土分配之中。

莱茵联邦仅仅维持了十年就随着拿破仑的失败而发生了深刻的重要改变。年，在维也纳会议最终法案中，德意志同盟建立起来。这是由38个国家组成的联邦，其中三个是就汉萨同盟城市：吕贝克、汉堡和不来梅。自从年以来，这三个城市扮演着汉萨同盟执行者的半官方角色，这一特殊地位现在也得到了国际条约的承认。它们被指定为自由城市，而且联邦的宪法保证了它们的主权。因此在所有的德国城邦都被废除的十年中，这三个城邦再次回到了这一地图中硕果仅存的是这三个城市，它们曾经处于最初汉萨同盟的心脏而且使得这一理念鲜活地保持了数百年。

年，在普鲁士的鼓动下，德意志同盟内部出现了关税同盟。最初，它局限于普鲁士和一些南部德国的国家，但逐渐地其它国家也竭力想获得成员资格。其中包括那些自由城市，年，吕贝克第一个加入进来。汉堡和不来梅到年才成为完全意义上的成员，这时候，进一步的重要转变已经在德国*治舞台发生。年，普法战争结束，第二帝国建立。它代表了德意志统一运动的顶峰，而其根源在于在拿破仑统治下所受的羞辱。第二帝国表达了“小德国”对德国不统一问题的解决办法，必须把自16世纪以来一直是德国主要力量的奥地利排除在外。

像以前的关税同盟一样，第二帝国也是由普鲁士鼓动起来的；普鲁士国王成为德国皇帝，而柏林变成了新国家的首都。在它的宪法中，这三个古老的汉萨同盟城市吕贝克、汉堡和不来梅成为了帝国的自由城市。像其它有宪法制定权的国家一样，它们宪法的定位就是它们是“城市国家”，拥有自己的*府，并在有关它们当地的事务上拥有自治。尽管吕贝克从一开始就完全融入了新国家，但汉堡和不来梅则在关税同盟建立以后的近二十年间，运用自治使自己置于其外。随后的几十年是新德国经济大发展的时代，其中的这三个自由城市也繁荣昌盛。

汉堡与不来梅尤其如此，它们处于北海海岸，大大受益于不断增长的海外贸易。这一成功使它们倾向于尽可能长地保持自己经济上的独立。处于波罗的海的吕贝克这方面的成功要差一些。早期汉萨同盟贸易体系的中心—波罗的海，现在已经停滞不前了，而新德国则向西寻找世界商业提供的各种机会。汉堡是其最重要的港口，它通过易北河和哈维尔一斯比里运河体系与内地有畅通无阻的交通，这条运河成为柏林与北海之间的主要通道。年穿越日德兰半岛地峡的基尔运河的建成，使德国的波罗的海港口直接与北海相通。

最初汉萨同盟中心上的旧陆地运输，能够把巨大的船只送入波罗的海。尽管如此，波罗的海还是没有恢复其往日荣光，这条运河主要被用于海*目的。年到年在位的皇帝威廉二世特别热衷于促进德国的海上活动，把它视为获得所渴望的世界权力的途径。在他的演讲中常常把汉萨同盟当作他希望德国努力方向的典范来回忆。年，在给刚刚通过运河与北海连接的基尔的致辞中，他被这一事实吸引了注意，“我们的商业不是新的；在久远年代汉萨同盟就是世界迄今所见的最强有力的事业之一，并且这些德国城市能够建立如此舰队，最初广阔的大海都不能任其驰骋。”

威廉对汉萨同盟衰落的结论是，“它最终走向没落是由于缺乏一个条件，那就是皇帝的保护”。在他年在汉堡发表的“阳光地带”的著名演讲中，威廉回到了汉萨同盟主题。他说“皇帝富有的生机和给人保护的力量”照耀着现代的汉萨同盟，呼唤着汉萨事业精神的复兴。针对汉堡、不来梅和吕贝克的公民，他尤其祝贺他们的“伟大前景”他还表达了这样的愿望，也许“在和平年代我的汉萨同盟的功能就是保护和促进商业与贸易”。通过谈及“我的汉萨同盟，威廉似乎把他的新帝国视为促进古汉萨同盟的一种现代版兴起的渠道。